スキャン時のタグ付けは可能です。
下記手順をご参考ください。

1.CamCard Connector for Scannersにログインします。

2.左上「グループ選択」のリストをクリックすると、作成済みのタグが一覧で表示されますので
付与したいタグを選択（複数選択可能）し終えてから本体のスキャンボタンを押してください。

※「グループ選択」一覧からタグの新規作成は不可です。

Ex.スキャンの途中でタグを付けかえる方法

同じアカウントでスキャンする際、名刺によって付けたいタグを分ける必要がある場合は
下記画面の様に「全てのアップロード完了」の文言が表示された後
グループ選択一覧にて改めてタグを選択し直し、名刺をセットしてから本体のスキャンボタンを押してください。